Holzpellets werden lose in einem Silo oder Lagerraum gelagert und mittels eines Fördersystems dem Brenner zugeführt. Zur Beschickung können Riesel-, Sauggebläse- oder Schneckensysteme benutzt werden. Die Wahl hängt primär von der Entfernung des Lagers zum Kesselraum ab, für Entfernungen über 2 m sind meist mehrstufige oder flexible Schneckenförderungen nötig. Gebläsesysteme fördern bis zu 20 m, arbeiten aber bei deutlich höherem Geräuschpegel.

Zur Lagerung von Pellets gibt es die Möglichkeit, den Brennstoff in einem einfachen Lagerraum unterzubringen, dieser wird mit Trichterform ausgestattet, am unteren Ende des Trichters ist der Einlass der Schnecke oder das Gebläse.

Alternativen zu einem Lagerraum sind zusammenbaubare Gewebetanks. Vergrabene Erdtanks oder freistehende Silos sind eine Möglichkeit, wenn es an ausreichendem Lagerplatz im Gebäude fehlt.

Wichtig ist, dass der Lagerraum absolut trocken ist. Holzpellets sind stark hygroskopisch und vertragen in der Lagerung weder Mauer- noch zu hohe Luftfeuchte. In solchen Fällen muss auf dichte Tanksysteme zurückgegriffen werden.